近几年，以工商部门未尽材料审查义务，要求工商部门撤销股东变更登记、给予国家赔偿的行政诉讼经常发生，虽然人民法院很少判决工商部门败诉，但作为行政机关的登记社会公信力受到有力挑战。要想减小履职风险、提升社会公信力，工商部门在实施股东变更登记行政许可过程中，采取正确方式审查登记材料显得尤为重要。
　　一、要准确把握审查责任
　　理论上，行政机关对行政许可申请的审查有三种方式：一是形式审查，是指行政机关仅对申请材料是否具备的形式要件进行审查；二是实质审查，是指行政机关不仅对申请材料是否具备形式要件进行审查，还要对申请材料的实质内容的真实性、合法性进行调查核实；三是折衷审查，是指行政机关对申请材料有重点的进行审查，尤其对有疑问的事项予以审查，如果发现有不符合法律规定的，则不予登记。
　　目前，我国《行政许可法》、《企业登记程序规定》、《公司登记管理条例》都规定了工商部门必须履行对登记申请材料是否齐全、是否符合法定形式进行审查的义务。同时，《行政许可法》第34条第三款规定“根据法定条件和程序，需要对申请材料的实质内容进行核实的，行政机关应当指派两名以上工作人员进行核查”。《企业登记程序规定》第11条规定“企业登记机关认为需要对申请材料的实质内容进行核实的，应当派两名以上工作人员，对申请材料予以核实”。
　　代理注册公司的股东有行使表决权、监督公司经营权、公司盈利分配请求权、提起诉讼等权利，具备股东资格是享有上述权利的前提。虽然工商部门实施股东变更登记只有权利公示作用，不是设权登记，但是仍然对股东资格从有到无、从无到有产生重大影响，一定程度上决定着真实股东能否行使股东权利。鉴于此，股东变更登记时，工商部门不仅要在形式上对材料进行审查，而且要在真实性、合法性上对材料进行适度审查，也就是通常所说的实质审查。而且，审查时还必须符合审慎的要求。
　　二、要准确把握审查关键
　　有限公司股东变更登记需要提交公司变更登记申请书、指定代表或者共同委托代理人的证明及指定代表或委托代表人的身份证件复印件、股东同意转让股权的证明文件、股东双方签署的股权转让协议或者股权交割证明、新股东的主体资格证明或自然人身份证件复印件、修改后的公司章程或者公司章程修正案等一系列材料，这些材料都是工商部门办理股东变更登记过程中应当审查的对象。
　　形式审查的特点就是对申请人提交的材料是否齐全、是否符合法定形式进行审查。所以在对股东变更登记材料形式审查时，首先要审查申请人有没有根据法律法规的规定提交所有的申请材料；其次在申请材料齐全的情况下，要审查申请材料的格式是否规范、是否具备必须的条款、申请材料是否填写了应该填写的内容；第三要审查申请材料上是否都有签字。
　　股东变更登记实质审查就是对变更登记申请材料合法性和真实性的审查，主要抓好三个关键点：一是签字，要审查所有申请材料上的签字是否签字人本人的真实签字，因为这能在最低层面上证明申请材料的真实、合法；二是股权转让协议，股东变更是因为股权发生转让，证明股权发生转让最有效的文件是股权转让协议，所以对股权转让协议进行实质审查是有其必要性；三是股权转让协议与相关材料间的统一性，转让股权是转让双方基于让渡股权的意思而实施的一个民事行为，根据民事自治原则，只要双方达成一致即可转让，但法律法规对股东向他人转让股权作了限制性规定，即必须得到其他股东同意。
　　三、要准确把握审查要义
　　股东变更登记材料的形式审查很容易理解和掌握，而《行政许可法》中对实质审查的标准、何时启动实质审查、如何进行实质审查等问题，都缺乏具有可操作性的实体性标准和程序性规定，下面就从上述几方面谈如何实施实质审查。
　　股东变更登记流程主要有申请人的申请和工商部门受理、审查、决定几个环节，同时，工商部门作出行政许可的最长期限为自受理行政许可申请之日起30日内，所以尽早启动股东变更登记实质审查可以提高工商部门的行政效率，减小工商部门因启动实质审查而可能承担的逾期许可责任。因此，工商部门在受理股东变更登记材料环节启动实质审查就很有必要。
　　不同人对股权变更登记实质审查的把握不一样，有少数工商部门要求股权转让双方必须到登记窗口现场签署转让协议，登记人员才承认其真实有效，才能办理变更登记，实际上这曲解了实质审查的真实内涵，反而有侵犯商事主体意思自治的嫌疑。实际上股权变更登记的实质审查，应当包括比对性审查和分析性审查。比对性审查也称“弱眼”审查，即受理人员将申请人提交的申请材料与原先的登记档案材料进行比对，通过弱眼确认材料中如签字等事项的一致性。分析性审查也称“思维”审查，即受理人员将申请材料进行综合分析，确认关键申请材料之间的统一性、逻辑性，如股东会决议、股权转让协议、公司章程三者内容就不能出现矛盾。经过比对性审查、分析性审查没有发现材料之间存在不一致或者存在逻辑性错误等情况，就应该认为申请材料通过审查，予以核准登记；如果存在不一致或者逻辑性错误的情况，工商部门应当向有关人员调查核实，根据核实情况进行处理。
　　一旦变更登记审查进入调查核实阶段，工商部门还应当注意程序的合法性、正当性。