对于我国而言，协调“发展”和“低碳”的关系，处理“走出去”、“引进来”与自创核心技术的关系以及加快产业转型升级，都与发展高新技术息息相关。因此，我国给予高新技术企业很多税收优惠。但日前国家审计署对18个省市的高新企业进行的审计结果，却表明部分高新企业在税务方面有很多风险，有些甚至还很严重，不仅严重地影响了企业的正常生产经营，抵消了技术创新带来的好处，而且对我国高新技术产业的整体发展造成了一定不利影响。因此，对高新企业来说，风险防范与技术创新同样重要。 
笔者发现，高新企业的税务风险，相当一部分是由于研发费用的核算不准确导致的。而企业对研发费用核算不准确的首要原因，就是企业财务部门与研发部门沟通不畅，“各自为政”。比如，通过高新资格初审的某装饰材料有限公司，财务人员进行相关税务处理时，完全根据自己掌握的信息来对相关费用进行归集和处理，而没有和研发部门做任何沟通。在这种情况下，财务人员对企业研发和生产经营过程中同时消耗的材料、燃料和动力费用就无法进行准确、合理的计算和区分，更无法准确核算其中的研究开发费用，进而也就无法向税务部门提供研发过程中“产供销”以及单独核算的费用等一系列书面证明资料。最终，税务部门认定该企业不符合高新技术企业的税收优惠，补缴税款高达700多万元。 
“囫囵吞枣”式地理解税收政策，是很多高新企业面临税务风险的另一个重要原因。高新技术企业认定须满足条件之一，是企业的研究开发费用总额占销售收入总额必须符合一定的比例。根据税收相关规定的要求，企业在计算研发费用比例时，销售收入必须是“销售收入总额”，必须与企业所得税年度纳税申报表一致。某信息有限公司在计算费用销售比例时，将销售总额和销售收入两个概念混淆，固执地认为，作为“分母”的销售收入就是财务会计概念的销售收入，不应包含其他业务收入。最终，由于研究开发费用总额占销售收入总额不符合规定的比例，该企业在复审时未能通过高新认定。 
加计扣除是国家对高新企业重要税收优惠方式之一。部分企业的财务人员认为，只要是与研发相关的费用，均可以加计扣除。按照这种逻辑，部分企业将一些间接的资料费用、间接消耗的材料燃料动力费用以及非直接从事研发人员的薪酬费用记入研发费用并加计扣除。如某精密成型有限公司，其新产品的研发一般由行政管理人员牵头负责，在日常核算中，财务部门由于无法将这些身兼数职的高管报酬中有多少是与研发有关的部分合理地区分开，索性就将其薪酬全部计入研发费用，结果因有悖“与研究相关的直接费用允许加计扣除”的规定，而被税务机关进行纳税调整。这不仅会间接地导致研发费用比例下降，更有可能因此导致企业不符合高新企业的认定标准。 
根据《企业所得税法实施条例》规定，研发费用计入当期损益未形成无形资产的，允许再按其当年研发费用实际发生额的50%，直接抵扣当年的应纳税所得额。研发费用形成无形资产的，按照该无形资产成本的150%在税前摊销。部分企业不区分资本化、费用化支出，纳税年度内将支出均纳入费用化金额，一律按50%加计扣除而产生的税务风险也不少。比如，在一个纳税年度中，某企业的研究成果已经得到认可，并获得了相关部门的成果报告和鉴定意见书。但是，该企业将随后产生的研发费用仍然计入当期损益，一方面继续享受加计扣除的企业所得税优惠，另一方面又人为扩大了当期研发费用占销售收入的比重，最终被税务机关查处。 
笔者发现，在获得高新企业资格后，后续管理跟不上是很多企业遭遇税务风险的关键。由于研究费用定性需要合同、协议、成果报告、鉴定意见书等来印证，一些企业为了便于管理，就指派专人负责资料的报送、接收。而这些人一般均非专业化人士，认为只要将相关部门的认定证书拿回来就“万事大吉”了，税务风险往往就在这个环节产生了。如在对某实验器材有限公司税收优惠复审中，税务人员发现，该公司接收的科技部门认定书中已确认其符合高新技术企业条件，并且列举了符合的大类项目。但是，在税务部门复审文件的小类项目中，却索引不到该企业的具体产品。该企业的高新资格因此受到质疑，最终也无缘享受税收优惠。 
高新企业的税务风险，关乎企业自身的健康发展，更关乎整个国家的创新发展，事关重大。因此，高新企业应该对此高度重视，采取有效措施科学防范税务风险，让先进的科技成果更加高效地应用于社会生产和百姓生活的方方面面，并最终增强企业的核心竞争力，为确保国家的经济安全作出应有的贡献。 
因此，笔者建议致力于发展高新技术的企业，一定要成立专门的研发机构，加强与财务部门的主动沟通与协调，对研发费用实行专账管理，准确归集并计算研发费用。同时，由于高新技术企业的认定、优惠政策的享受涉及科技、财税等多个部门，各项规定综合性强、涉及面广，企业相关人员必须密切注意职能部门的新规定、新要求，研究整合各类文件、规范，不断更新自己的业务知识，使高新技术企业的各项工作在法律法规体系的框架内有条不紊的运行。另外，应当成立由相关人员组成的工作小组，以便加大内部的工作协调，实现与政府各职能部门的有效对接