企业之间由于拖欠款项或者债务纠纷等原因，导致不能及时取得发票，进而造成企业支出不能在当年税前扣除。而以后跨年度取得合法有效凭证后，是否可以在企业所得税前扣除？是在取得凭证当年扣除还是在费用发生年度追究补扣除？一直是困扰企业的难题。
   2011年《国家税务总局关于企业所得税若干问题的公告》（国家税务总局公告2011年第34号），解决了纳税人汇缴期内取得的上年度成本、费用发票的税前扣除问题。明确规定跨期取得有效凭证可以追补确认税前扣除。
   什么是合法有效凭证
   要解决未取得合法有效凭证企业所得税前是否可以税前扣除问题，首先要明确什么是合法有效凭证。什么是合法有效凭证？有人认为只有发票是合法有效凭证，这一观点是错误的。实际上发票是合法有效凭证之一，但不是唯一的。例如企业支付给员工的工资，虽然没有也不可能取得发票，但是工资表及付款给银行个人工资账户的凭据也是合法有效凭证，企业可以据此在企业所得税税前扣除。企业所得税有关法规中对合法有效凭证并没有明确的规定，但是可以参照营业税方面的相关规定。
   营业税暂行条例实施细则第十九条规定，条例第六条所称符合国务院税务主管部门有关规定的凭证（以下统称合法有效凭证），是指：一、支付给境内单位或者个人的款项，且该单位或者个人发生的行为属于营业税或者增值税征收范围的，以该单位或者个人开具的发票为合法有效凭证；二、支付的行政事业性收费或者政府性基金，以开具的财政票据为合法有效凭证；三、支付给境外单位或者个人的款项，以该单位或者个人的签收单据为合法有效凭证，税务机关对签收单据有疑义的，可以要求其提供境外公证机构的确认证明；四、国家税务总局规定的其他合法有效凭证。
   跨年度取得合法有效凭证可以追溯税前扣除
   国家税务总局公告2011年第34号文件第六条规定，企业当年度实际发生的相关成本、费用，由于各种原因未能及时取得该成本、费用的有效凭证，企业在预缴季度所得税时，可暂按账面发生金额进行核算；但在汇算清缴时，应补充提供该成本、费用的有效凭证。即汇算清缴期间如取得合法有效凭证仍可以在企业所得税前扣除。但是，企业若在年度企业所得税汇算清缴结束前未取得相关成本、费用有效凭证，而是在汇算清缴结束后取得了有效凭证，又该如何处理呢？
   按照国家税务总局公告2011年第34号文件汇缴期内取得的跨期有效凭证可在成本费用发生年度扣除的规定精神，遵循企业所得税权责发生制和凭合法有效凭证进行税前扣除的原则。对于汇缴期过后，取得了以前年度没有税前扣除的合法有效凭证，可以追溯到费用发生年度进行税前扣除。
   但要注意两点：一是以权责发生制原则确定费用发生年度；二是追溯扣除期限不得超过3年。
   企业所得税法实施条例第九条规定：企业应纳税所得额的计算，以权责发生制为原则，属于当期的收入和费用，不论款项是否收付，均作为当期的收入和费用；不属于当期的收入和费用，即使款项已经在当期收付，均不作为当期的收入和费用。据此，企业发生了纳税年度和汇缴期内未取得合法有效凭证的费用后，应先行调增成本、费用发生所属年度的应纳税所得额，在实际收到发票等合法凭据的年度，再调减原扣除项目所属年度的应纳税所得额。
   税收征收管理法第五十一条规定，纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起3年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。企业因未取得合法有效凭证而造成在费用支出等扣除项目发生的所属年度多缴的税款，可在收到发票的年度向税务机关申请退还以前年度多缴纳的税款，但是时限不得超过3年。
   企业扣除追补确认的成本、费用出现亏损的，按企业所得税法弥补亏损的规定处理。