地税机关代开运输发票，是根据《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]88号）第四条规定，按代开票纳税人管理的所有单位和个人（包括外商投资企业、特区企业和其他单位、个人），凡按规定应当征收营业税，在代开货物运输业发票时一律按开票金额3%征收营业税，按营业税税款7%预征城建税，按营业税税款3%征收教育费附加。同时按开票金额3.3%预征所得税，预征的所得税年终时进行清算。但代开票纳税人实行核定征收企业所得税办法的，年终不再进行所得税清算。
　　需要注意的是，根据《国家税务总局关于调整代开货物运输业发票企业所得税预征率的通知》（国税函[2008]819号）规定，国税发[2004]88号第四条（一）项中“按开票金额3.3%预征所得税”自2008年1月1日起停止执行，修改为2.5%。
　　另外，对代开运输发票过程中，按规定预征的企业所得税处理，应依照《国家税务总局关于货物运输业新办企业所得税退税问题的通知》（国税函[2006]249号）文件规定：
　　（1）由国家税务局负责征收管理企业所得税，但由地方税务局负责代开货物运输发票并统一代征税款的货物运输业代开票纳税人，其按照法律法规规定应退的企业所得税，退税事项由主管国家税务局办理，可直接抵缴该纳税人次年应纳企业所得税，也可在汇算清缴后办理退税，退税额不超过纳税年度主管国家税务局对其已征的企业所得税税额；超出部分，由代开货物运输发票的地方税务局办理退税事项。
　　（2）上述纳税人的退税事项在每年汇算清缴时予以结算办理。
　　因此，企业所缴纳的预征企业所得税，可以在企业所得税纳税申报表中的“已缴纳所得税”中列示。