企事业单位所得税相关法规规定的亏损，是指企事业单位依照规定将每一纳税年度的收入总额减除不征税收入、免税收入和各项扣除后小于零的数额。企事业单位纳税年度发生的亏损，准予向以后年度结转，用以后年度的所得弥补，但结转年限最长不得超过5年。本文重点讲解企事业单位弥补亏损的相关注意事项。
　　一、境内盈利不可抵减境外亏损，境外应税所得可弥补境内亏损
　　税法规定，企事业单位在汇总计算缴纳企事业单位所得税时，其境外营业机构的亏损不得抵减境内营业机构的盈利，但境外营业机构的应税所得可弥补境内亏损。
　　例1.某居民企事业单位（下同）境外有一个营业机构，2009年境外应税所得为100万元，境内亏损50万元；2010年境外亏损100万元，境内盈利150万元（不考虑其他事项，下同）。
　　企事业单位2009年境外应税所得100万元可弥补境内亏损50万元；2010年境内盈利150万元不得抵减境外亏损100万元。
　　二、境外亏损弥补采取“分国不分项”的原则
　　《财政部、国家税务总局关于企事业单位境外所得税收抵免有关问题的通知》（财税[2009]125号）规定，在汇总计算境外应纳税所得额时，企事业单位在境外同一国家（地区）设立不具有独立纳税地位的分支机构，按照《企事业单位所得税法》及其实施条例的有关规定计算的亏损，不得抵减其境内或他国（地区）的应纳税所得额，但可以用同一国家（地区）其他项目或以后年度的所得按规定弥补。
　　三、减免收入及所得不得弥补应税亏损，应税所得不得弥补减免所得项目亏损
　　《国家税务总局关于做好2009年度企事业单位所得税汇算清缴工作的通知》（国税函[2010]148号）规定，对企事业单位取得的免税收入、减计收入以及减征、免征所得额项目，不得弥补当期及以前年度应税项目亏损；当期形成亏损的减征、免征所得额项目，也不得用当期和以后纳税年度应税项目所得抵补。
　　例2.某企事业单位2010年应取得免税收入50万元，当期符合减免条件的技术转让所得项目亏损30万元，应税项目所得亏损10万元。
　　该企事业单位2010年减免所得项目亏损30万元可用免税收入弥补，但剩余的20万元免税收入不得弥补应税项目亏损，应税项目亏损10万元可结转以后年度用应税所得弥补。
　　例3.假设上例中技术转让所得项目亏损30万元，应税项目所得为50万元。
　　企事业单位的应税项目所得也不得用于弥补减、免征所得项目亏损，因此，企事业单位应税所得50万元应按规定计算纳税，而技术转让所得形成的亏损30万元，只能用以后年度减免收入或所得额来弥补。
　　四、检查调增的应纳税所得额可弥补亏损
　　《国家税务总局关于查增应纳税所得额弥补以前年度亏损处理问题的公告》（国家税务总局公告2010年第20号）规定，税务机关对企事业单位以前年度纳税情况进行检查时调增的应纳税所得额，凡企事业单位以前年度发生亏损、且该亏损属于《企事业单位所得税法》规定允许弥补的，应允许调增的应纳税所得额弥补该亏损。弥补该亏损后仍有余额的，按照《企事业单位所得税法》规定计算缴纳企事业单位所得税。
　　例4.某企事业单位2009年度纳税调整后所得为-50万元，以前年度结转可弥补亏损30万元。税务机关于2011年对其2009年度纳税情况进行检查，调增应纳税所得额100万元。
　　2009年度纳税调整后所得为100－50＝50（万元），可弥补亏损30万元，应纳税所得额为50－30＝20（万元）。
　　注意：新老政策规定不同。《国家税务总局关于企事业单位所得税若干业务问题的通知》（国税发[1997]191号）规定，对纳税人查增的所得额，不用于弥补以前年度的亏损。
　　五、企事业单位亏损仍可加计扣除和抵扣应纳税所得额
　　企事业单位的研究开发费用和安置残疾人员及国家鼓励安置的其他就业人员所支付的工资，可以在计算应纳税所得额时加计扣除。
　　例5.某企事业单位2010年度利润总额为-20万元，当年发生可以加计扣除的研发费用支出100万元，残疾人工资支出60万元。
　　企事业单位当年纳税调整后所得为（-20）－100×50%－60×100%＝-130（万元）。
　　注意：新老政策规定不同。《国家税务总局关于修订企事业单位所得税纳税申报表的通知》（国税发[2006]56号）规定，技术开发费支出符合税收规定的，允许按技术开发费实际发生额的150%扣除，但不得使申报表主表第16行－第17行－第18行＋第19行－第20行的余额为负数。
　　六、企事业单位筹办期间不计算为亏损年度
　　《国家税务总局关于贯彻落实企事业单位所得税法若干税收问题的通知》（国税函[2010]79号）规定，企事业单位自开始生产经营的年度，为开始计算企事业单位损益的年度。企事业单位从事生产经营之前进行筹办活动期间发生筹办费用支出，不得计算为当期的亏损。
　　七、资产损失造成亏损应弥补所属年度
　　《国家税务总局关于发布〈企事业单位资产损失所得税税前扣除管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2011年第25号）规定，企事业单位实际资产损失发生年度扣除追补确认的损失后出现亏损的，应先调整资产损失发生年度的亏损额，再按弥补亏损的原则计算以后年度多缴的企事业单位所得税税款。追补确认期限一般不得超过5年。
　　例6.某企事业单位2009年度实际资产损失100万元未扣除。2009年度、2010年度纳税调整后所得分别为80万元、60万元。2011年3月，企事业单位向税务机关说明并进行专项申报扣除。
　　追补扣除损失，2009年度纳税调整后所得为80－100＝-20（万元），2010年度应纳税额为（60－20）×25%＝10（万元）。
　　八、取消合并纳税后以前年度尚未弥补亏损的规定
　　《国家税务总局关于取消合并纳税后以前年度尚未弥补亏损有关企事业单位所得税问题的公告》（国家税务总局公告2010年第7号）规定，企事业单位集团取消了合并申报缴纳企事业单位所得税后，截至2008年底，企事业单位集团合并计算的累计亏损，属于符合《企事业单位所得税法》第十八条规定5年结转期限内的，可分配给其合并成员企事业单位（包括企事业单位集团总部）在剩余结转期限内，结转弥补。
　　九、合并分立中的亏损弥补
　　《财政部、国家税务总局关于企事业单位重组业务企事业单位所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）等文件规定，一般性税务处理下，企事业单位合并，被合并企事业单位的亏损不得在合并企事业单位结转弥补；企事业单位分立，相关企事业单位的亏损不得相互结转弥补；特殊性税务处理下，企事业单位合并，可由合并企事业单位弥补的被合并企事业单位亏损的限额＝被合并企事业单位净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率；企事业单位分立，被分立企事业单位未超过法定弥补期限的亏损额可按分立资产占全部资产的比例进行分配，由分立企事业单位继续弥补。
　　十、清算期间可依法弥补亏损
　　《财政部、国家税务总局关于企事业单位清算业务企事业单位所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]60号）规定，企事业单位清算中应依法弥补亏损。
　　例7.某企事业单位2010年10月停止经营，其申报2010年度纳税调整后所得为-300万元。此外，2005年度～2009年度纳税调整后所得分别为-250万元、-100万元、30万元、50万元、80万元。在注销前，企事业单位申报清算所得1000万元。
　　税法清算期间作为一个纳税年度，因此，2005年度尚未弥补的亏损250－30－50－80＝90（万元）不能在清算期弥补。但可弥补2006年度的亏损，清算期应纳税所得额为1000－100＝900（万元）。